Theo Cục Thuế, để chứng minh nguồn gốc hợp pháp của hàng hóa, hộ kinh doanh cần chuẩn bị đầy đủ giấy tờ như hợp đồng mua bán, hóa đơn thương mại, vận đơn, chứng từ nộp thuế nhập khẩu... Nếu không thể tự nhập khẩu, hộ kinh doanh có thể ký hợp đồng ủy thác với một đơn vị logistics. Đơn vị này sẽ thực hiện thủ tục nhập khẩu và cung cấp hóa đơn đầu vào đầy đủ cho bên ủy thác.
Cơ quan thuế cũng khuyến nghị các hộ, cá nhân kinh doanh nên lưu trữ hóa đơn, chứng từ hàng hóa mua vào để xuất trình khi được kiểm tra, qua đó chứng minh tính hợp pháp và chất lượng hàng bán ra.
Tương tự, với hàng nông sản mua trực tiếp từ nông dân - vốn không có hóa đơn, hộ kinh doanh nên lập bảng kê kèm chứng từ thanh toán như phiếu chi, phiếu nhập kho hoặc biên bản bàn giao. Bảng kê này chỉ áp dụng khi người bán là cá nhân không thuộc diện phải xuất hóa đơn. Trong trường hợp người bán là công ty hoặc hộ kinh doanh có đăng ký, họ bắt buộc phải xuất hóa đơn bán hàng theo quy định hiện hành.