Lợi dụng môi trường thương mại điện tử với đặc thù giao dịch xuyên biên giới và khả năng che giấu danh tính, nhiều đối tượng đã dựng nên các kịch bản gian lận hoàn thuế tinh vi. Từ việc tạo gian hàng ảo, đơn hàng khống đến hợp thức hóa hồ sơ bằng hóa đơn giả, các hành vi này đang bị ngành Thuế đưa vào tầm ngắm thông qua hệ thống kết nối dữ liệu hóa đơn điện tử, ngân hàng và hải quan để truy vết toàn bộ chuỗi giao dịch.